蒙古学学院现有2个博士学位授权点，有9个硕士学位授权点，有6个本科专业。

博士学位授权点分别是中国少数民族语言文学和专门史博士学位授权点。

硕士学位授权点分别是中国少数民族语言文学、语言学及应用语言学、文艺学、专门史、中国古代史、比较文学与世界文学、历史文献学、新闻学、宗教学文文学硕士学位授权点。本科专业分别是蒙古语言文学基地、蒙古语言文学、新闻学、编辑出版学、播音与主持艺术、旅游管理。